赛尔机器人罗杰船长率领小队，寻找圣者精灵对抗邪恶博士。
宇宙中的邪恶天才艾里逊博士，企图捕获所有精灵，提取它们的能量制造终极武器。赛尔号飞船的罗杰船长临危受命，率领赛小息、卡璐璐、阿铁打等精英赛尔机器人，以及他们的精灵伙伴米咔、加格尔等，再次出发。他们根据古老预言，前往未知星域寻找传说中的“圣者”精灵。途中，他们解开了古老的精灵遗迹之谜，结识了新的精灵朋友，也与艾里逊博士的势力多次交锋。最终，他们找到了圣者精灵“谱尼”，在谱尼的帮助下，成功击败了艾里逊博士的巨型机甲，维护了宇宙的和平。
延续了第一季的冒险精神，故事更加宏大，新精灵的引入让孩子们充满期待。团队合作与勇敢探索的主题贯穿始终，画面绚丽，战斗场面精彩。